Głównym wyzwaniem dziedzinowym jest zwiększenie odporności i zdolności adaptacyjnych do zmian klimatu na całym obszarze Metropolii Krakowskiej u skierowanie tych działań w stronę osiągnięcia neutralności klimatycznej do 2050 roku. Ramy do rozwoju Metropolii krakowskiej należy tworzyć z wykorzystaniem wspólnego modelu struktury funkcjonalno-przestrzennej oraz ulepszonego, zintegrowanego planowania przestrzennego.

Do równie istotnych wyzwań Metropolii Krakowskiej w ramach dziedziny ŚRODOWISKO I PRZESTRZEŃ należą ponadto: zapewnienie wysokiej jakości powietrza, wspólne usprawnianie systemu gospodarownia odpadami, wprowadzenie zintegrowanego systemu zarządzania zielenią metropolitalną, poprawa efektywności energetycznej oraz zwiększanie udziału odnawialnych źródeł energii w bilansie energetycznym Metropolii Krakowskiej.

Plany działań:

• 2.1 Plan rozwoju współpracy i inwestycji na rzecz adaptacji do zmian klimatu.
• 2.2 Plan rozwoju edukacji ekologicznej.
• 2.3 Plan rozwoju dot. współpracy w zakresie gospodarowania przestrzenią w Metropili Krakowskiej. 
• 2.4 Plan rozwoju współpracy i inwestycji w zakresie efektywności energetycznej oraz wykorzystania OZE.
• 2.5 Plan poprawy jakości powietrza w Metropolii Krakowskiej.
• 2.6 Plan rozwoju współpracy i inwestycji w zakresie gospodarowania odpadami komunalnymi.
• 2.7 Plan rozwoju współpracy i inwestycji w zakresie przechodzenia na gospodarkę o obiegu zamkniętym.
• 2.8 Plan wdrożenia rozwiązań opartych na środowisku oraz cennych walorach przyrodniczych i rozwoju błękitno-zielonej infrastruktury.